Temporal, dinámico, interactivo, cambiante, itinerante… el programa de difusión del MUNCYT contempla el diseño y producción de exposiciones objetuales a partir de sus fondos, que persiguen el bien particular de la puesta en valor del patrimonio científico y tecnológico que atesora, y otras exposiciones de carácter conceptual, con el compromiso general de difundir la ciencia, la tecnología y fomentar la cultura científica entre los ciudadanos.
En la actualidad el museo cuenta con tres sedes, Alcobendas (Madrid), el Prisma de Cristal (A Coruña) y un centro de documentación en el Paseo de las Delicias de Madrid, cuyos almacenes son visitables.
